Фамилия Яхунин — редкий пример, где основа не бросается в глаза. На первый взгляд, корень «Яхун» кажется тюркским или даже библейским (ср. Яхве, Яхья), но на деле перед нами чисто русская словообразовательная модель с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «сын Яхуни» или «человек из семьи Яхуни». Значит, ключ к фамилии — мужское личное имя или прозвище Яхуня.

Что такое Яхуня? Скорее всего, это производная форма от канонического крестильного имени Иоанн (в народном произношении — Иван). В русской диалектной традиции от Ивана возникали десятки уменьшительных вариантов: Ваня, Ванюха, Ванюша, Иваня, а также Яша, Яха, Яхно и, наконец, Яхуня. Звуковой переход «Иван — Яхун» объясняется просто: в безударной позиции начальное «и» могло перейти в «я» (ср. диалектное «яшшо» вместо «ещё»), а суффикс -ун(я) придавал имени фамильярно-ласкательный или, наоборот, прозвищный оттенок. Таким образом, Яхунин — это «внук или сын Яхуни», то есть потомок человека, которого в быту звали Яхуня вместо Иван.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России. Встречается в Вологодской, Архангельской, Кировской областях, а также в Пермском крае — то есть в регионах, где долго сохранялись архаичные диалектные формы имён. В южнорусских говорах Иван чаще превращался в Ваню или Иваня, а вот Яхуня — примета северного и северо-восточного наречия.

Вторая, менее вероятная версия выводит основу из тюркского корня «яхун» (близкий, родной), но против неё говорит типично русский суффикс -ин. Если бы фамилия была тюркского происхождения, она скорее имела бы окончание -ов или вовсе не склонялась. Поэтому версия с Иваном-Яхуней остаётся основной.

Сословное происхождение Яхуниных, скорее всего, крестьянское или посадское. Фамилии на -ин в этой среде закреплялись в XVII–XIX веках, когда крестьянам давали фамилии по имени отца или деда. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это не значит, что их не было, но в родословных книгах Яхунины не упоминаются.

Коротко: Яхунин — потомок человека по прозвищу Яхуня, которое возникло как народная форма имени Иван. Фамилия редкая, севернорусская, без сложной истории, но с живым диалектным корнем, который до сих пор можно услышать в деревнях Архангельской области.