Основой фамилии Яхнин послужило церковное имя Яхно. По одной из версий, Яхно — это украинский вариант имени Яхья, которое было широко распространено и существует сейчас у народов Средней Азии и у татар. Имя Яхья происходит от древнееврейского имени Иоханан, а в русском языке имеет аналог – имя Иоанн (современное Иван). В переводе оно означает «милость Божия». Его носил Иоанн Креститель (Предтеча) - один из самых почитаемых святых, предсказавший пришествие мессии, а также апостол Иоанн Богослов, автор Евангелия и Книги Откровения. Согласно другой гипотезе, Яхно — это форма имени Яков (Иаков), которое в переводе с древнееврейского означает «пятка». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Яхно, со временем получил фамилию Яхнин.