Фамилия Якункина — женская форма фамилии Якункин, которая образована по самой распространённой в русском языке модели: от личного мужского прозвища или имени с помощью суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: «чей сын?» — Якункин, то есть сын Якунки. В основе фамилии лежит прозвище или неканоническое имя Якунка.

Корень здесь — Якун-, который восходит к каноническому крестильному имени Яков (древнееврейское Яаков, «идущий по пятам», «запятка»). В народной русской речи имя Яков давало множество производных: Якуня, Якуша, Якуха, а также Якунка. Форма Якунка — уменьшительно-ласкательная, характерная для северных и центральных говоров. Суффикс -к- в таких именах (как и в Ванька, Петька) мог быть как нейтральным домашним, так и прозвищным.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным словом «якун» (в некоторых говорах так называли задиристого, беспокойного человека). Однако в словарях это слово не зафиксировано как общеупотребительное, поэтому версия с производным от Якова выглядит гораздо обоснованнее.

Фамилия Якункин — относительно редкая. Встречается преимущественно в центральных областях России, особенно в Тверской и Псковской губерниях, где были сильны традиции уменьшительных форм имён. Географическая привязка позволяет предположить, что предки носителей фамилии были крестьянами или посадскими людьми: именно в этих слоях населения до XIX века широко бытовали некалендарные и уменьшительные имена.

Интересно, что фамилия Якункин не имеет «двойников» с суффиксом -ов (Якунков), что говорит о её более древнем пласте: -ин — один из самых старых русских патронимических суффиксов, и он закрепился за основами, оканчивающимися на -а/-я. Таким образом, фамилия Якункина — это буквально «дочь (или жена) Якунки», а её корни уходят в народную культуру имён, где ласковое Якунка было обычным делом.