Фамилия Якунькин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Якунькин послужило церковное имя Иаков. Мужское крестильное имя Иаков в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». В основу фамилии легла производная форма имени — Якунька (Иаков < Яков < Якунька). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якунька, со временем получил фамилию Якунькин. О точном месте и времени возникновения фамилии Якунькин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Якунькин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.