Мужское крестильное имя Иаков в переводе с древнееврейского языка означает «второй по рождению». В основу фамилии Якунькина легла производная форма этого имени — Якунька (Иаков < Яков < Якунька). Скорее всего, основатель рода Якунькиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якунька, со временем получил фамилию Якунькина.