Фамилия Якуньков образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Якуньков послужило церковное имя Якунько. Имя Якунько является уменьшительной формой мужского крестильного имени Иаков, которое в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». Также возможно, что фамилия Якуньков образована не от имени, а от прозвища Якунько. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якунько, со временем получил фамилию Якуньков. О точном месте и времени возникновения фамилии Якуньков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Якуньков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.