Фамилия Якунцов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Якунцов послужило церковное имя Иаков. Мужское крестильное имя Иаков в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». В основу фамилии легла производная форма имени — Якуня (Иаков < Яков < Якуня). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якуня, со временем получил фамилию Якунцов. О точном месте и времени возникновения фамилии Якунцов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Якунцов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.