Фамилия Якункин — классический пример русской «патронимической» фамилии, образованной от имени. Её основа — уменьшительная форма древнего канонического имени Иаков (церковнославянская форма ветхозаветного Якова). В народной русской традиции это имя давало множество производных: Якуня, Якунка, Якуша, Яшка. Именно от формы Якуня с помощью притяжательного суффикса -ин и появился Якункин — буквально «чей?» — сын Якуни, потомок человека по прозвищу Якуня.

Суффикс -ин указывает на принадлежность к первому лицу мужского рода, заканчивающемуся на -а или -я. В этом смысле Якункин стоит в одном ряду с такими распространёнными фамилиями, как Пушкин, Ильин или Никитин. Однако если Пушкин и Ильин — фамилии, закрепившиеся за дворянскими родами, то Якункин, скорее всего, оставался фамилией крестьянской или мещанской среды, что подтверждается её географией.

Интересно, что в русских говорах имя Якуня могло быть не только уменьшительным от Иакова, но и самостоятельным прозвищным именем, связанным с диалектным словом «якун» — так в некоторых областях называли болтливого, крикливого человека или даже птицу (например, якуна — вид кулика). Но в случае с Якункиным первична именно связь с крестильным именем: имя Яков было одним из самых частых в русской деревне вплоть до XX века, а фамилии на -ин от его уменьшительных форм встречаются повсеместно.

Сословная принадлежность первых носителей фамилии, скорее всего, была крестьянской или посадской. В документах XVII–XVIII веков Якункины фиксируются в центральных и северных губерниях России — например, в Вологодской и Костромской землях. В переписных книгах эти территории часто упоминают крестьян с отчествами Якунка и Якуня, от которых позже и пошли фамилии.

От других однокоренных фамилий — Яковлев, Якушев, Яшин — Якункин отличается именно суффиксальной моделью. Яковлев образован от полной формы имени с суффиксом -ев, Якушев — от основы Якуш, а Яшин — от Яша. Якункин же стоит особняком: он сохранил редкую уменьшительную форму Якуня, которая в живой речи почти исчезла, оставшись только в фамильном гнезде.