Фамилия Якункинский — редкий случай, когда её происхождение почти не вызывает споров, но зато ставит другой вопрос: откуда взялась сама основа? Модель образования прозрачна: суффикс -ский указывает на географическую или владельческую принадлежность, а основа — Якункин. Значит, перед нами типичная «выездная» фамилия, которую давали по названию места, где жил или которым владел предок. Таким местом мог быть хутор, деревня или усадьба Якункино — такие названия встречаются в центральной России, например, в бывшей Тверской или Ярославской губерниях. Человека, переселившегося оттуда, в документах записывали как «Якункинский», то есть «выходец из Якункина».

Сама же основа Якункин восходит к имени или прозвищу Якунка. Это уменьшительная форма от канонического имени Яков (через народный вариант Якун). В старину Якун было вполне самостоятельным нецерковным именем: его носили, например, новгородские посадники. Суффикс -к- в имени Якунка — ласкательный, так что фамилия в конечном счёте означает «принадлежащий потомку Якунки». Двойной суффиксальный ряд (Якун → Якунка → Якункин → Якункинский) встречается нечасто и говорит о том, что фамилия формировалась постепенно: сначала возникло отчество Якункин (чей сын? — Якункин), а уже от него — фамилия-топоним.

Интересно, что фамилия Якункинский почти не встречается в старых дворянских родословных книгах — скорее всего, её носители были выходцами из крестьян или однодворцев, которые получали фамилии по месту приписки после отмены крепостного права. В современной России она крайне редка: по открытым данным, её носят буквально несколько десятков человек, в основном в Центральном федеральном округе. Если ваш предок носил такую фамилию, велика вероятность, что его семья происходила из небольшого села или починка с названием Якункино, которое могло исчезнуть с карты ещё в XX веке.