Мужское крестильное имя Иаков в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». В основу фамилии легла производная форма имени — Якунька (Иаков < Яков < Якунька). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якунька, со временем получил фамилию Якунькин.