Фамилия Якулькин — яркий пример того, как русское словообразование «переплавило» иноязычное имя. В её основе лежит крестильное имя Иаков (древнееврейское «Яаков» — «держащийся за пяту», то есть следующий по пятам). В русском просторечии имя Иаков превратилось в Яков, а от него пошли многочисленные уменьшительные формы: Якуня, Якуха, Якуша. Форма Якулька — одна из них, характерная для северных и центральных говоров, где суффикс -уль-/-ул- придавал имени ласкательный или фамильярный оттенок (сравните: Ванюлька, Петрулька). Таким образом, Якулькин — буквально «сын Якульки», то есть потомок человека, которого в быту звали Якулькой.

Модель образования здесь классическая: от основы Якульк- с помощью патронимического суффикса -ин. Этот суффикс присоединялся к основам на -а/-я, в отличие от -ов/-ев, которые крепились к твёрдым и мягким согласным. Поэтому фамилии на -ин (Пушкин, Ильин, Якулькин) обычно указывают на прозвище или имя, заканчивающееся на гласный.

Интересно, что фамилия Якулькин встречается реже, чем Яковлев или Якушев. Это говорит о том, что форма Якулька была локальной, не повсеместной. В переписных книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков носители такой фамилии чаще всего фиксировались в Вятской губернии (современная Кировская область) и на Русском Севере. Там же, кстати, распространена и фамилия Якункин — от другой уменьшительной формы того же имени.

Версия о происхождении от прозвища Якулька, связанного с глаголом «якать» (говорить «я» вместо «е», то есть окать или, наоборот, якать по-южнорусски), маловероятна. Глагол «якать» в значении «выставлять себя» появился позже, а прозвище, скорее всего, было бы Якала или Якун. Так что самая надёжная гипотеза — от имени Яков через ласкательную форму Якулька. Социальный состав носителей фамилии был преимущественно крестьянским и мещанским: дворянских родов Якулькиных в исторических источниках не обнаружено.