Фамилия Якунников образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Якунников образована от прозвища Якунник. В архангельских говорах широко распространен был глагол «якунить», т.е. «ходить на промысел по зверя, полевать, охотиться». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Якунник, со временем получил фамилию Якунников. О точном месте и времени возникновения фамилии Якунников в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Якунников представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.