Фамилия Якунникова — женская форма фамилии Якунников, и её разбор стоит начать с редкости суффикса. В русских фамилиях часто встречается -ов/-ев или -ин, а здесь мы видим двойной суффикс -ник-ов. Такая модель указывает на то, что в основе лежало не просто имя или прозвище, а название человека по его занятию или характерному признаку, оформленное через суффикс -ник.

Основа фамилии — имя Якун. Это древнерусская, разговорная форма канонического имени Иаков (церковное Яков). Усечение и добавление суффикса -ун (Якун) — типичный приём древненовгородской и псковской антропонимии: так образовывали обиходные, «домашние» варианты имён. Сравните: Петрун, Микула (от Николай). Таким образом, Якун — это «маленький Яков» или просто Яков, но в ласково-пренебрежительной форме.

Далее от имени Якун образовали прозвище Якунник. Суффикс -ник в прозвищах часто указывал на человека, который имел отношение к названному лицу или предмету: например, бортник (работает с бортью), плотник (работает с плотом). Якунник — это, скорее всего, «человек Якуна»: сын, слуга, работник или просто тот, кто находился при Якуне. То есть фамилия несёт не отчество (Якунов сын), а указание на принадлежность к конкретному человеку по имени Якун через прозвище.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России. Имя Якун было особенно распространено в Новгородской земле и в Поморье. В писцовых книгах XV–XVI веков встречаются крестьяне с именем Якун, например, Якун Фёдоров, крестьянин Деревской пятины. Соответственно, первые носители фамилии Якунниковы — это, скорее всего, крестьяне или посадские люди из новгородских или псковских земель, которые получили прозвание по главе семьи или двора.

Сословный состав: фамилия не дворянская и не купеческая, а типично крестьянская или мещанская. Двойной суффикс -ников встречается реже простого -ов, что делает фамилию более старой по типу образования (прозвище, а не отчество). В современных справочниках фамилия Якунникова фиксируется как редкая, с концентрацией в Тверской, Новгородской и Ленинградской областях, что подтверждает её северное происхождение.