Фамилия Якубкина — женская форма фамилии Якубкин. Её основа — имя Якуб, которое является восточной и славянской формой библейского имени Иаков (в русской традиции — Иаков, в европейской — Джейкоб). Имя Якуб широко бытовало у тюркских народов, а также у крещёных татар, башкир и других народов Поволжья, где ислам и православие соседствовали веками. Собственно, Якуб — это арабская версия имени, пришедшая через Коран (пророк Йакуб, сын Исхака).

Суффикс -кин в фамилии указывает на модель образования: от личного имени или прозвища с помощью притяжательного суффикса -ин. В русской ономастике суффикс -ин присоединялся к основам на -а, -я. Однако в фамилии Якубкин мы видим суффикс -кин, а не -ин. Это объясняется тем, что имя Якуб в народном произношении могло звучать как «Якуба» (с ударением на последний слог) или осмысляться как основа на твёрдый согласный, но в разговорной речи появился вариант Якубка (уменьшительно-ласкательная форма). От него и пошла фамилия: Якубка → Якубкин. Такая модель характерна для фамилий, образованных от кратких, усечённых или уменьшительных форм крестильных имён: Петька → Петькин, Ванька → Ванькин.

Географически фамилия Якубкина чаще всего встречается в регионах, где исторически жили татары, башкиры, чуваши, а также русские, контактировавшие с тюркским населением: Поволжье, Урал, Западная Сибирь. Встречается она и у мордвы. Это не случайно: имя Якуб было одним из самых распространённых у татар-мусульман, а после крещения многие носители переходили в православие, но фамилия сохраняла исходную форму.

С точки зрения социального происхождения, фамилия Якубкин (и Якубкина) — типично крестьянская или мещанская. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии часто фиксировались у государственных и экономических крестьян, а также у бывших ясачных людей. Дворянских родов с такой фамилией практически нет — это фамилия простого человека, чей предок носил имя Якуб или прозвище Якубка.

В написании фамилии возможны варианты: Якубкин, Якубкина (женская форма), реже — Якубкины. Ударение, как правило, падает на второй слог: Яку́бкина, хотя в некоторых говорах может смещаться на первый или третий. Важно не путать её с фамилией Якубовский (польская или украинская форма) или Якубович (белорусская и польская). Якубкина — более редкая, локальная, «земская» фамилия, несущая отпечаток бытовой речи и соседства культур.