Фамилия Якубка ведет свое начало от аналогичного имени, которое является производной формой крестильного мужского имени Иаков. Следует отметить, что эта форма распространена в польском языке. Имя же Иаков в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». Согласно библейскому преданию, Иаков - младший из двух сыновей-близнецов Исаака и Ревекки. Иногда же имя главы семейства переходило к потомку в неизменной форме.