Фамилия Якубук — редкий пример восточного имени, обработанного украинским суффиксом -ук. В основе лежит арабское имя Якуб (библейский Иаков, Исраэль), которое через ислам и тюркские народы попало в восточнославянскую среду. Суффикс -ук в украинской ономастике традиционно обозначает «маленького» или «сына»: Якубук — буквально «потомок Якуба», «Якубов сын» или «младший Якуб».

Вероятнее всего, фамилия сложилась на территориях, где украинцы и тюркские народы жили вперемешку — в Поднепровье, на Запорожье, в Причерноморье. Носителем прозвища мог быть человек, принявший православие из крымских татар или ногайцев, либо крещёный турок, либо украинец, получивший имя в честь уважаемого местного Якуба. В любом случае, фамилия фиксирует контакт двух культур и переход личного имени в наследственное прозвание.

Менее вероятна версия происхождения от караимского или армянского имени Якуб с тем же суффиксом. Караимы жили в Крыму и Литве, армяне — в Подолье и на Волыни, и их фамилии на -ук тоже встречаются. Но украинская модель образования здесь первична: именно суффикс -ук, а не -ян или -оглы, указывает на среду бытования.

В отличие от русских фамилий на -ов (Якубов), украинский вариант Якубук сохранил более тесную связь с личным именем без дополнительной патронимической приставки. По сути, это «сын Якуба» в компактной форме. Фамилия нечастотная, и её носители сегодня живут в основном на западе Украины, в Беларуси и среди украинской диаспоры — там, где осели переселенцы с юга.

Других версий, связывающих Якубук с каким-либо ремеслом или географическим названием, нет. Всё упирается именно в имя Якуб и типичный для украинской антропонимии способ его переработки.