Фамилия Якубой — редкий случай, когда географическая привязка важнее разбора корня. Это не русская фамилия в привычном понимании, а украинская или белорусская, причём с очень характерным окончанием. Суффикс -ой в фамилиях встречается в основном у потомков запорожских казаков и жителей западных регионов Украины (Волынь, Подолье, Галичина) и юга Беларуси. В русской ономастике такой модели нет: русские фамилии на -ой — единичны и обычно восходят к прилагательным (Толстой, Косой), а не к именам.

Основа фамилии — Якуб, западнославянская и восточноевропейская форма библейского имени Иаков (Яков). В украинском и белорусском языках имя Якуб было распространено не меньше, чем Яков: через Польшу и Литву оно пришло в эти земли ещё в Средневековье. Фамилия Якубой образована по модели «имя + суффикс принадлежности», где -ой заменяет более привычный -ов или -ин. То есть Якубой — это буквально «чей? Якубов», «сын (или потомок) Якуба». Такая словообразовательная модель типична для украинских фамилий на -ук, -юк, -ак, -ей, -ой: Дмитрук, Стецюк, Гнатей, Якубой.

Интересно, что фамилия могла закрепиться не только за потомком человека по имени Якуб, но и за самим носителем прозвища Якуб. В казацкой среде прозвища часто становились фамилиями без дополнительных суффиксов, но здесь суффикс -ой указывает на отчество, а не на прямое прозвище. Поэтому версия с отчеством выглядит правдоподобнее: предка звали Якуб, а его детей и внуков стали записывать как Якубои — то есть «Якубовы» на местный лад.

Встречаемость фамилии невысокая. Основной ареал — Львовская, Тернопольская, Ивано-Франковская области Украины, а также Гродненская и Брестская области Беларуси. В России Якубой можно встретить в переселенческих сёлах Сибири и Дальнего Востока, куда в XIX — начале XX века переезжали крестьяне с запада империи. Сословно — преимущественно крестьяне и казаки, без дворянских корней. Фамилия не склоняется по падежам в мужском роде (Якубой, Якубоя, Якубою), что тоже типично для украинских фамилий на -ой.