Фамилия Якубко образована от имени Якуб. Оно представляет собой производную форму имени Иаков, которое в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». Таким образом, потомок человека, которого звали Якуб, со временем получил фамилию Якубко. Среди известных однофамильцев можно назвать словацкого футболиста Мартина Якубко.