Фамилия Якубханова образована от мужского имени Якубхан, которое представляет собой классический для мусульманских народов Востока и Кавказа двусоставный антропоним. Первая часть — Якуб — это арабская форма библейского имени Иаков (Йа‘куб), широко распространённая у народов, исповедующих ислам. Вторая часть — хан — изначально тюркский титул верховного правителя, но в составе личных имён он давно утратил реальное значение власти и стал просто престижным, благопожелательным компонентом (что-то вроде «господин», «князь»). Таким образом, имя Якубхан можно перевести как «господин Якуб» или «хан Якуб».

Словообразовательная модель фамилии — суффикс -ов, присоединённый к основе «Якубхан». Это типичная для русской и многих тюркских фамилий патронимическая конструкция, отвечающая на вопрос «чей?»: Якубханова буквально означает «дочь (или жена) Якубхана». В русском языке фамилии на -ов/-ев закрепились в качестве стандартной формы для большого числа нерусских родов, вошедших в состав империи, особенно из тюрко-татарской среды и народов Кавказа.

Географически фамилия Якубханова чаще всего встречается в Дагестане и других республиках Северного Кавказа, а также среди татар и азербайджанцев. В русском контексте она однозначно указывает на исламские корни предка-основателя. Нередко такие фамилии получали дети или внуки человека по имени Якубхан, который мог быть уважаемым старейшиной, сельским старостой или просто человеком знатного происхождения в своей общине.

Мужской вариант фамилии — Якубханов. В официальных документах она склоняется как обычная русская фамилия на согласный: Якубханова, Якубхановой и т.д. Стоит отметить, что в среде носителей иногда встречается вариант с ударением на второй слог (ЯкубхАнова), но нормативным считается ударение на третий слог — на букву «а» в суффиксе (ЯкубханОва), что соответствует общему правилу для фамилий на -ов.