Основой фамилии Якубчанова послужило церковное имя Якубчан. Имя Якубчан является производной формой мужского крестильного имени Иаков, которое в переводе с древнееврейского означает «второй по рождению». Скорее всего, основатель рода Якубишиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якубчан, со временем получил фамилию Якубчанов.