Фамилия Якунюшкина — редкий пример фамилии, образованной не напрямую от имени, а через цепочку уменьшительно-ласкательных суффиксов. Её основа — каноническое крестильное имя Иаков (древнееврейское «держащийся за пяту»), которое в русской народной среде превратилось в Яков, а затем в просторечную форму Якуня. К имени Якуня добавили суффикс -юшк-, типичный для ласкательных прозвищ (ср. дедушка, батюшка), и получилось имя Якунюшка. По модели, характерной для северных и центральных областей России, от этой формы через притяжательный суффикс -ин образовали фамилию: сын Якунюшки — Якунюшкин, а для женщины — Якунюшкина.

В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин указывает на конкретную принадлежность одному человеку. Предок носительницы фамилии, скорее всего, был известен в своей деревне или слободе именно как Якунюшка — то есть младший или любимый Яков, возможно, сын или внук другого Якова. Фамилия закрепилась в тех местах, где была распространена традиция «уличных» прозвищ на -юшка: это характерно для говоров Владимирской, Костромской, Нижегородской губерний.

Словообразовательная цепочка здесь длиннее обычной: Яков → Якуня → Якунюшка → Якунюшкин. Это делает фамилию не просто отчеством, а своего рода «внутренним» указанием на родство в третьем поколении. Если бы предка звали просто Яков, фамилия была бы Яковлев; если бы Якуня — Якунин. А форма Якунюшкин сохранила память о том, что в семье кого-то ласково называли «Якунюшкой», и это прозвище стало основой для родового имени.

Фамилия встречается крайне редко, в основном в документах XX века по Рязанской и Тамбовской областям. В некоторых говорах, особенно южнорусских, возможна иная версия: от диалектного глагола «якунить» (кричать, шуметь), но она маловероятна, так как суффикс -юшк- однозначно указывает на личное имя, а не на действие. Таким образом, Якунюшкина — это фамилия, которая буквально значит «принадлежащая потомку того самого Якунюшки», и в этом её отличие от более частых отчеств.