Фамилия Якунюшкин — редкий пример, когда в основе лежит не полное, а сразу несколько уменьшительных форм одного имени. Корень здесь — каноническое крестильное имя Иаков (древнееврейское «следующий по пятам», то есть идущий вослед). В русской традиции имя обросло десятками народных вариантов: Яков, Якуня, Якуняй, Якуняка, Якуняша. От них и пошли фамилии Яковлев (самая частая), Якунин, Якункин, Якуняев, Якуняшин. А Якунюшкин стоит особняком из-за двойного суффикса.

Словообразовательная цепочка выглядит так: Якуня → Якунюшка (ласкательная форма с суффиксом -юшк-) → Якунюшкин. Модель «имя + -юшка + -ин» типична для русских фамилий XVII–XVIII веков: сравните Ванюшкин, Митюшкин, Сенюшкин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Якунюшкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Якунюшка. Так в быту могли называть не только ребёнка, но и взрослого крестьянина или мещанина — ласкательное обращение не всегда означало малый возраст, часто оно выражало родственную или соседскую близость.

Географически фамилия привязана к северо-западным и центральным губерниям России. В переписях XIX века Якунюшкины встречаются в Вологодской, Костромской и Вятской губерниях — зонах, где имя Яков было особенно популярно, а местные говоры любили «уменьшительные» разговорные формы. Встречаемость фамилии крайне низкая: по современным данным, в России живёт не более нескольких сотен носителей, и большинство сосредоточены в бывших вотчинах Строгановых (Пермский край) и в верховьях Волги.

Спорных версий происхождения здесь почти нет. Иногда пытаются связать фамилию с тюркским корнем «якун» (близкий, родственник), но это натяжка: суффиксальная модель -юшк- чисто русская, да и основа Якуня легко выводится из православного именослова. Единственное, что стоит оговорить: ударение в фамилии может падать как на второй слог (ЯкУнюшкин), так и на третий (ЯкунЮшкин) — оба варианта фиксируются в документах, и это не ошибка, а следствие диалектного произношения исходного прозвища.