Фамилия Ялгонен — редкий для России случай, когда финская модель словообразования встречается не на северо-западе, а в Поволжье. Суффикс -нен в финском языке означает «из рода такого-то» или «житель такой-то местности», и в XIX веке его массово получали крещёные карелы, ижоры и ингерманландцы. Однако география фамилии Ялгонен указывает на Самарскую и Оренбургскую области — регионы, куда финно-угорское население попало не естественным расселением, а в результате административных переселений при Екатерине II и Павле I.

Основа «Ялго» не имеет прямых параллелей в русском языке. В карельском и финском наречиях «jalka» — нога, а «jälki» — след; оба корня могли дать прозвище быстроногому или следопыту. Но правдоподобнее версия, что Ялгонен — это адаптация эрзянского или мокшанского имени Ялга (друг, товарищ). Эрзяне, жившие чересполосно с финнами-лютеранами в Поволжье, часто получали фамилии на финский манер при записи в метрические книги — так смешивались языки и традиции.

В дореволюционных списках фамилия почти не встречается: Ялгоненых записывали то как Ялгановы, то как Елгонен. Это указывает на слабую грамотность писарей и отсутствие у крестьян твёрдого написания. Дворянского происхождения у фамилии нет — носители были государственными или удельными крестьянами, позже середняками. В советское время фамилия закрепилась в едином варианте Ялгонен, но до сих пор остаётся штучной: по открытым данным, в России её носит не более нескольких десятков человек, и почти все они — потомки одной семьи из села Малый Толкай Самарской губернии.