Фамилия Ягонен ведет свое начало от карельского слова jago, которое в переводе на русский язык означает "дележ, раздел". Вполне вероятно, что родоначальник Ягоненов мог получить часть наследства. Однако не исключено, что фамилия относится к так называемым "профессиональным" именованиям, содержащим указание на деятельность человека. Поэтому можно предположить, что основатель рода Ягонен занимался распределением земельных наделов. Также весьма характерным для финских фамилий является элемент –лайнен/–ляйнен: этот суффикс означает «похожий на что-либо, подобный чему-либо» или же «принадлежащий какой-либо народности», «происходящий из какой-либо местности».