Фамилия Яконен — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает личное имя. В основе лежит не Яков и не Якон, а топоним: на северо-западе России, особенно в бывших новгородских и псковских землях, встречаются деревни с названием Яконово, Яконовская. Если ваш предок носил фамилию Яконен, он с высокой вероятностью происходил из мест, где говорили на говорах, близких к карельским или вепсским, — отсюда и характерный суффикс.

Суффикс -ен указывает на финно-угорскую модель образования фамилий. В карельском, вепсском, ижорском языках суффикс -nen (в русской передаче — -ен, -ин, -онен) означает принадлежность к роду или местности: «Яконен» буквально — «из рода Яко» или «тот, кто из Яконова». Это не патроним (не «сын Якона»), а скорее указание на родовое гнездо. Аналогично устроены фамилии Хаккинен, Реппонен, Лайтинен — все они пришли с северо-запада.

Сама основа Яко- — сокращённая форма от канонического имени Иаков (Яков) или от Иоаким (Яким). В прибалтийско-финской среде имя Яков переделали в Якко, Якка, а уменьшительная форма Яко стала восприниматься как самостоятельное имя. Со временем, когда фамилии закрепились в русских документах, суффикс -ен обрусел, и Яконен перестал восприниматься как инородный.

По сословию носители фамилии почти всегда были крестьянами или мещанами из Олонецкой, Архангельской, Вологодской губерний, а также из восточной части Финляндии (историческая Выборгская губерния). В метрических книгах XIX века Яконены встречаются в приходах вокруг Ладожского и Онежского озёр. В советское время фамилия не стала массовой, но сохранилась в Карелии, Ленинградской области и среди потомков переселенцев в Сибири.

Другие версии — от прозвища Яконя (яконь — старый, усталый конь) или от диалектного «якать» (говорить с яканьем) — маловероятны. Слишком устойчив топонимический след, и слишком характерен суффикс именно для северо-западной модели фамилий. Если вы встретили Яконена за пределами этого региона, скорее всего, его предки уехали на заработки или по столыпинской реформе.