Фамилия Яконова — женская форма от Яконов, и её разбор начинается не с женского окончания, а с мужской основы. В центре внимания здесь редкий суффикс -ов, который указывает на принадлежность: Яконов буквально значит «сын Якона» или «человек из рода Якона». Но кто такой Якон?

Самая вероятная версия — Якон это разговорная, народная форма церковного имени Иаков (в русской традиции — Яков). В диалектах имя могли произносить и записывать по-своему: Якон вместо Яков встречается в северных и сибирских говорах, где «в» на конце слова иногда переходило в «н» или выпадало. Подтверждение этому можно найти в старорусских документах: в переписных книгах XVII века попадаются крестьяне и посадские люди с именем Якон, Яконка. Таким образом, Яконов — это вариант фамилии Яковлев, но с более узкой, местной огласовкой.

Есть и другая гипотеза: связь с прозвищем Якон, образованным от глагола «якать» — говорить «я» вместо «е», то есть окать или вообще говорить на свой манер. В этом случае прозвище давали человеку с заметной особенностью речи. Однако эта версия менее убедительна: прозвищной суффикс -он в русском языке редок, и фамилии от таких основ почти не встречаются. Гораздо логичнее видеть здесь каноническое имя в простонародной обработке.

Географически фамилия Яконов (и Яконова) тяготеет к северу России — Архангельской, Вологодской областям, а также к бывшим северным уездам Пермской губернии. Там и сейчас можно встретить носителей этой фамилии, что косвенно подтверждает диалектную природу имени-основы.

Суффикс -ов в фамилии типичен для русской антропонимии, но его сочетание с корнем «якон» даёт редкий вариант. В отличие от массовых Иванов или Петров, Яконовы — носители локальной, почти «камерной» фамилии, которая не вышла за пределы определённых говоров и регионов. Это не делает её менее ценной для истории: наоборот, именно такие фамилии сохраняют живые следы народного произношения и бытовой ономастики XVII–XVIII веков.