Основой фамилии Яконин послужило имя Яконя. Имя Яконя, скорее всего, является производной формой мужского крестильного имени Иаков, которое в переводе с древнееврейского языка означает «второй по рождению». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Яконя, со временем получил фамилию Яконин.