Фамилия Яконина — женская форма, а мужская, Яконин, образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы на -а или -я добавляется суффикс -ин. Это указывает на принадлежность: «чей?» — Яконин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Яконя.

Корень здесь — Якон-. В старорусском языке это могло быть уменьшительно-ласкательное от канонического имени Иаков (в просторечии — Яков). Форма Яконя — одна из множества народных переделок церковного имени, вроде Якуня, Якуша, Яшка. Такие варианты были обычны в крестьянской среде: полное имя в быту заменяли коротким и удобным для произношения. Так что основатель рода с фамилией Яконин мог зваться Яконей, а его отца, вероятно, звали Яковом.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище от диалектного слова «яконя». В некоторых говорах так называли бойкого, шустрого человека, иногда с оттенком «егоза» или «непоседа». Однако эта гипотеза слабее: в письменных источниках такое прозвище почти не встречается, а имя Яконя фиксируется в актах XVII века, например, в переписных книгах Новгородской земли.

Географически фамилия Яконин (и Яконина) тяготеет к северо-востоку России. Чаще всего она встречается в Вологодской, Кировской областях и в Пермском крае. Это согласуется с историей заселения: в те края в XVI–XVII веках переселялись крестьяне из новгородских и вятских земель, где имя Яконя было в ходу.

Суффикс -ин в этой фамилии не просто грамматический маркер, а указание на социальный статус предков. В России фамилии на -ин чаще всего носили крестьяне и посадские люди, тогда как дворянские фамилии предпочитали окончание -ов. Так что Яконины, скорее всего, были незнатного происхождения — пахали землю, занимались ремеслом или служили в приказных избах. Никакой «дворянской ветви» у этой фамилии не известно.

Если сравнивать с однокоренными, то Яконин стоит в одном ряду с Яковлевым, Якуниным, Якушевым. Но Яковлев — от полной формы имени, а Яконин — от народной, уменьшительной. Это делает фамилию более редкой и локальной: она не «вышла в люди» так широко, как Яковлевы, и осталась в тех местах, где жили её первые носители.