Фамилия Яконов — не самая частая, но её происхождение укладывается в несколько версий, и ни одну из них не стоит отбрасывать сразу. Основа фамилии — личное имя Якон, которое, скорее всего, является просторечной формой крестильного имени Иаков (библейский Иаков, брат Исава). В русских говорах имя Иаков часто сокращали до Яков, а от него уже могли образовать уменьшительные формы: Яконя, Яконка. Так появилось и имя Якон — как вариант «Яков» с суффиксом -он. Фамилия, соответственно, образована по стандартной патронимической модели: «чей?» — Яконов, то есть сын Якона.

Однако есть и другая возможность. В некоторых северных и сибирских говорах словом «якон» называли человека с резким, неуживчивым характером, возможно, от глагола «якать» — говорить «я» слишком часто, то есть быть самоуверенным, хвастливым. Если прозвище Якон закрепилось за таким человеком, то фамилия пошла не от имени, а от прозвищного описания поведения. Обе версии равноправны, но первая — от имени — встречается в русской ономастике чаще, поскольку модель «уменьшительное имя + -ов» была массовой.

Суффикс -ов указывает на принадлежность к великорусской традиции фамилий, распространённой в центральных и северных губерниях. Фамилия могла возникнуть в крестьянской или мещанской среде, где отчество или прозвище отца становилось родовым именем детей. Встречается она преимущественно в центральной России и Поволжье, но не привязана к одному региону жёстко.

Стоит обратить внимание на возможное смешение с фамилией Яконовский — та, в свою очередь, могла быть образована от топонима (названия села или усадьбы) и чаще встречалась у дворян или духовенства. Яконов же — фамилия более демократичная, «земская», без сословного оттенка. В дореволюционных метрических книгах она фиксируется у крестьян и мещан, что подтверждает её простонародное происхождение.

Однокоренные фамилии — Яковлев, Якунин, Яконов — все восходят к одному источнику (Иаков), но разными путями. Яконов — более редкий вариант, чем Яковлев, и это делает его интересным для генеалогического поиска: если ваши предки носили эту фамилию, то, скорее всего, они жили в локальной общине, где имя Якон было в ходу как самостоятельное, а не как сокращение.