Фамилия Ягонин образована от прозвища или нецерковного имени Ягоня. В русской ономастике суффикс -оня характерен для уменьшительно-ласкательных форм личных имён: так, от имени Яков могли образовать Ягоню, от имени Егор — Егоню. В основе лежит простонародная форма канонического имени Иаков (церковнославянское Иаков, разговорное Яков). Закономерность простая: Яков → Ягоня → сын Ягони → Ягонин. Таким образом, фамилия означает «принадлежащий Ягоне», то есть потомок человека, которого в быту звали Ягоней.

Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному лицу: чей? — Ягонин. Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий, особенно в северных и центральных губерниях. Важно не путать фамилию с созвучной Ягодин: там корень «ягода», а здесь — личное имя.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «ягоня» могло быть прозвищем человека с характерной походкой или манерой речи, но письменных подтверждений этому нет. Основная гипотеза — от имени Яков, и она надёжнее, поскольку модель «имя + -оня» хорошо известна в исторической антропонимии: вспомните фамилии Афонин (от Афоня — Афанасий), Миронин (от Мироня — Мирон), Федюнин (от Федюня — Фёдор).

Фамилия редкая, но встречается в центральной России и Поволжье. В дореволюционных метрических книгах Ягонины фиксировались в основном среди крестьян и мещан — сословная принадлежность типична для фамилий, образованных от уменьшительных форм крестильных имён. Никакого особого дворянского или купеческого происхождения у этой фамилии нет, что не умаляет её возраста: такие фамилии складывались уже в XV–XVII веках.