Яганя – адаптированная русскими форма немецкого имени Иоганн, которое восходит к древнееврейскому Йоханаан - «милость Божья». Однако не исключено, что в основе фамилии лежит прозвище Яганя. В некоторых местностях яганами называли «якальщиков», то есть людей, которые слово «его» произносили как «яго». Эта особенность произношения характерна для рязанцев, тамбовцев и жителей некоторых соседних с ними территорий. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Яганя, со временем получил фамилию Яганин.