Фамилия Яганина — редкий пример, где суффикс -ин указывает не на отчество, а на прозвище, связанное с тюркским миром. Основа «Яган» восходит к тюркскому слову «яган» — слон. В русских говорах и документах XVI–XVII веков это слово использовалось как прозвище для крупного, сильного человека либо для того, кто торговал слоновой костью или бивнями мамонта (в Сибири такой промысел был известен). Менее вероятно, но возможно, что прозвище давали за неуклюжесть или громоздкость — по аналогии с образом слона.

По модели образования фамилия Яганина — это притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, отвечающее на вопрос «чей?»: «дочь (или жена) Ягана». В русской традиции фамилии на -ин чаще всего образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Мужской вариант — Яганин. Если бы основа была славянской, суффикс был бы -ов (Яганов), но тюркская основа дала именно -ин, что говорит о прямом заимствовании прозвища без переоформления.

Географически фамилия Яганина встречается в основном в Поволжье и на Урале — в регионах, где исторически были сильны тюркские контакты (татары, башкиры). Встречаются единичные случаи в Сибири, что подтверждает версию о связи с сибирским промыслом мамонтовой кости. По данным переписей XIX века, Яганины числились в основном среди государственных крестьян и мещан — ни дворянских родов, ни массового распространения у фамилии не было.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Яганов, Ягановский — показывает, что Яганина стоит особняком. Яганов — явно русифицированный вариант с суффиксом -ов, а Яганин сохраняет исходную тюркскую огласовку. Это делает фамилию маркером прямого, неадаптированного прозвища, которое не переделали под славянское окончание.

Таким образом, предок носителя фамилии Яганина, скорее всего, был человеком крепкого телосложения или имел отношение к торговле крупными животными (слонами) или их костью. Фамилия редкая, но с чёткой этимологией, не требующей сложных гипотез.