Фамилия Яганин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Яганя – адаптированная русскими форма немецкого имени Иоганн, которое восходит к древнееврейскому Йоханаан - «милость Божья». Однако не исключено, что в основе фамилии лежит прозвище Яганя. В некоторых местностях яганами называли «якальщиков», то есть людей, которые слово «его» произносили как «яго». Эта особенность произношения характерна для рязанцев, тамбовцев и жителей некоторых соседних с ними территорий. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Яганя, со временем получил фамилию Яганин. О точном месте и времени возникновения фамилии Яганин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Яганин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.