Фамилия Яганцев образована от прозвища Яганец, которое восходит к топониму Яган. Так называется село Малопургинского района Республики Удмуртия. Впоне вероятно, что предок Яганцевых родился или долгое время жил в этом насленном пункте. Скорее всего, само название села ведет свое начало от имени первого поселенца Яган. Это имя, по одной из версий, имеет тюркское происхождение и восходит к слову «йаган», то есть «слон». По другой версии, Яган – это адаптированная русскими форма немецкого имени Иоганн, которое на русский язык переводится как «милость Божья». В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Яган, со временем получил фамилию Яганцев.