Фамилия Яганёва — редкий пример, где географический акцент в основе важнее морфологического разбора. Женская форма, образованная через суффикс -ёв, указывает на принадлежность мужу или отцу: Яганёва — «дочь или жена Яганя». Мужской вариант — Яганёв. Суффикс -ёв (а не -ов) встречается в русских фамилиях реже и часто сигнализирует о южнорусском или украинском влиянии, либо об ударении, падающем на последний слог основы.

Сама основа «Ягань» восходит к имени или прозвищу. Скорее всего, перед нами адаптация тюркского имени Яган (от «яган» — слон, в переносном смысле — могучий, крупный человек). В русской среде такие имена давали выходцам из татарской или башкирской среды, особенно в XVI–XVII веках, когда многие служилые татары переходили на русскую службу. Фамилии с корнем Яган- (Яганов, Яганин) фиксируются в Поволжье и на Урале, что подтверждает эту версию.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «яган» — так в некоторых говорах называли ястреба или другую хищную птицу. Тогда прозвище мог получить ловчий, охотник или человек с острым зрением. Однако тюркская версия надёжнее: она объясняет и необычное для русского уха звучание, и региональную привязку.

В документах фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании. Носители Яганёвых, вероятно, происходят из крестьян или однодворцев южных губерний — там, где смешение славянских и тюркских антропонимов было обычным делом. Ударение падает на последний слог: Яганёва.