Фамилия Яганцева — женская форма фамилии Яганцев, и её происхождение связано с довольно редкой словообразовательной моделью. В русских фамилиях суффикс -ев/-ов чаще всего указывает на принадлежность («чей сын?»), но в данном случае основа нестандартная: Яганц-ев. Это наводит на мысль, что в основе лежит не имя, а прозвище или название по месту жительства.

Скорее всего, корень «Яган» — это искажённое или диалектное звучание имени Иоганн (Иван в западной традиции). В русском языке, особенно в пограничных с Западом регионах, такое имя могло превратиться в Яган: так называли выходцев из немецких земель или просто носителей нерусского говора. Суффикс -ец в прозвищах часто означал «человек из…» или «тот, кто связан с…». Таким образом, «Яганец» — это либо «человек по имени Яган», либо «пришлый, немец». От этого прозвища и пошла фамилия Яганцев.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «яган» означает «слон» (от арабского «фил» через искажение), но такое прозвище для русского крестьянина маловероятно. Скорее это случайное звуковое совпадение.

Географически фамилия Яганцева встречается редко, чаще всего в Поволжье и на Урале, где исторически селились немцы-колонисты. Предки Яганцевых могли быть либо обрусевшими немцами, либо русскими, получившими прозвище за связь с иноземцами. Сословно — скорее всего, крестьяне или мещане, так как дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В написании фамилии встречается вариант «Еганцева», что подтверждает её «западный» след: буква «Я» часто заменяла «Е» в документах при адаптации нерусских имён.