Фамилия Ягонский — одна из тех, в которых на слух угадывается что-то географическое, но точное место не лежит на поверхности. Суффикс -ский указывает на два возможных пути образования: либо от названия населённого пункта (типичная модель для польской, украинской и русской дворянской ономастики), либо от прозвища или имени, к которому приросла притяжательная форма.

Корень «Ягон» не встречается в современных топонимах с той же частотностью, что, скажем, «Звенигород» или «Ростов». Однако в польских и белорусских землях существовали небольшие поселения вроде Ягоново или Ягоны. Фамилия могла закрепиться за выходцем из такого места. В этом случае Ягонский — типичный «географический» вариант, какой давали помещикам или шляхте, владевшей хутором или деревней Ягон.

Есть и вторая версия, более редкая и спорная, но не менее интересная. В основе может лежать древнерусское или диалектное прозвище Ягоня — уменьшительная форма от имени Яков (Яков → Ягоня, по аналогии с Афоня — Афанасий). Если это так, то Ягонский — это «Яковлев», но оформленный по модели фамилий на -ский, что встречалось у духовенства или у крестьян, переселившихся в другую губернию и получивших фамилию «по отцу» с книжным суффиксом.

География фамилии подсказывает, что Ягонские — не случайные люди на карте. Фамилия встречается в центральных областях России, в Поволжье, а также на западе — в Смоленской и Брянской областях, что косвенно подтверждает польско-белорусский след. В любом случае, носитель фамилии Ягонский может с равной вероятностью происходить от мелкого шляхтича, от священника или от крестьянина, которого записали «по деревне». Разные судьбы, но одна основа — имя или место, которое когда-то звучало как Ягон.