Фамилия Ягодынский — одна из тех, что на первый взгляд кажется прозрачной, но при ближайшем рассмотрении ставит перед исследователем несколько загадок. Самая очевидная версия связывает её с ягодой, однако прямой путь от плода к фамилии не самый вероятный. Разберёмся по порядку.

Словообразовательная модель указывает на типично польский или западнорусский суффикс -ский, который в XVI–XVII веках активно использовался для формирования фамилий шляхты и духовенства. В отличие от простых крестьянских фамилий на -ов и -ин, фамилии на -ский часто происходили от географических названий. Поэтому первая и самая правдоподобная гипотеза: Ягодынский — это потомок владельца или жителя населённого пункта с корнем «ягод-». В Польше, на Украине и в Беларуси есть несколько местечек с похожими названиями: Ягодин, Ягодынь, Ягодное. Переселенец из такого села, попав в другую местность, получал прозвище «Ягодынский» — то есть «тот, кто из Ягодыни». Со временем прозвище закрепилось как фамилия.

Вторая версия менее вероятна, но тоже имеет право на существование. В старину прозвище Ягода мог получить человек, занимавшийся сбором или продажей ягод, либо обладавший румяным, «ягодным» лицом. От этого прозвища по той же модели образовали фамилию Ягодынский — через притяжательное прилагательное с суффиксом -ын- (Ягодын) и добавлением шляхетского -ский. Однако в таком случае логичнее ожидать форму Ягодинский или Ягодский. Суффикс -ын- в сочетании с -ский встречается реже и часто указывает именно на топоним, а не на личное имя.

Стоит обратить внимание на ударение. В русском языке фамилия произносится с ударением на второй слог: Яго́дынский. Это тоже косвенно указывает на происхождение от названия места (Яго́дынь), а не от слова «ягода», где ударение было бы на первом слоге. В польском варианте ударение падало бы на предпоследний слог, но в русской традиции оно сместилось.

Социальный контекст фамилии однозначен: носители фамилии Ягодынский в Российской империи относились к дворянскому или духовному сословию. Фамилии на -ский до конца XIX века почти не встречались у крестьян центральной России, зато были распространены среди мелкопоместной шляхты западных губерний и среди выпускников духовных семинарий, где ученикам нередко давали «благозвучные» фамилии по названиям сёл или церковных праздников. Таким образом, предки современных Ягодынских с высокой долей вероятности были либо выходцами из западнорусской шляхты, либо священнослужителями, получившими фамилию по месту своего рождения или служения.