Фамилия Ягоденко образована от прозвища Ягода. Оно ведет свое начало от аналогичного нарицательного со значением «небольшой сочный плод кустарниковых или травянистых растений». Вероятно, прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность основателя фамилии: он мог заниматься сбором ягод на продажу, либо изготовлением из них различных сладостей — пирогов, варенья и т.п. Веселовского зафиксировано родственное прозвище: Ягода Иван (конец XV в., Новгород). Так и прозвище Ягода закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Ягоденко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ягода, со временем получил фамилию Ягоденко.