Фамилия Ягодко — редкий пример, где основа не вызывает споров, а суффикс говорит о географии. В отличие от привычных русских фамилий на -ов/-ин, форма на -ко характерна для украинской и белорусской традиции. Это типичный патроним или прозвище, оформленный уменьшительным суффиксом: Ягодко буквально значит «маленькая ягода» или «сын (человека по прозвищу) Ягода».

Корень «ягод-» в восточнославянских прозвищах мог относиться к разным вещам. Самое прямое объяснение — человек, связанный со сбором или продажей ягод, либо любитель полакомиться. Но в диалектах слово «ягода» имело и переносные значения: так могли назвать румяного, здорового человека (сравните «ягода-малина» в народных песнях) или, наоборот, невысокого, круглого — по ассоциации с формой плода. Встречается и ироничное прозвище для сладкоежки.

Ономасиологически фамилия Ягодко стоит в одном ряду с более частыми Ягодкин, Ягодников, Ягодов. Форма на -ко закрепляет её за западнорусскими землями: в первую очередь это современная Украина, юго-запад Беларуси, а также южные регионы России, куда переселялись украинцы. В дореволюционных переписях такая фамилия почти не встречается в центральных и северных губерниях — там бытовал вариант Ягодкин.

В написании фамилии нет вариаций: ударение падает на первый слог — Я́годко. Склоняется она как существительное мужского рода на -о (Ягодко, Ягодка, Ягодку), хотя в быту носителей часто ошибочно считают несклоняемой. Женский вариант фамилии не меняется.

По сословной принадлежности предки Ягодко, скорее всего, были крестьянами или казаками — фамилии на -ко редко встречались у дворянства, которое предпочитало формы на -ский или -ов. В реестрах запорожских казаков XVII–XVIII веков можно найти схожие прозвища, но конкретное упоминание Ягодко в исторических документах требует отдельного поиска — фамилия достаточно редкая.