Фамилия Ягодин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Ягода мог получить человек, торговавший ягодой. В переносном значении ягодой называют также человека цветущего вида. Также именование Ягода может представлять собой нецерковное имя. Давая младенцу такое имя, как Ягода, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделена эта птица. Однако имя Ягода просто могло быть внутрисемейным ласковым прозвищем. Так, из письменных источников известен крестьянин Ивашка Ягода (1495 год). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ягода, со временем получил фамилию Ягодин. О точном месте и времени возникновения фамилии Ягодин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Ягодин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.