Фамилия Ягодовский образована по стандартной для восточнославянских фамилий модели с суффиксом -ский. Этот суффикс указывает на происхождение по месту жительства или по названию родового поместья. Основа фамилии — «Ягод-» — скорее всего, связана с топонимом: населённым пунктом вроде Ягодово, Ягодовка или Ягодное. Такие названия встречаются в России, Беларуси и Польше. Человек, получивший фамилию Ягодовский, вероятно, был выходцем из одного из этих мест — либо владельцем усадьбы, либо крестьянином, приписанным к селу.

Менее вероятна, но возможна версия происхождения от прозвища Ягода. В древнерусской традиции прозвища по растениям давали за внешность (румяный, круглолицый) или за характер (сладкий, приятный в общении). Однако суффикс -ский в этом случае нетипичен: прозвищные фамилии чаще образуются через -ов/-ев (Ягодов) или -ин (Ягодин). Ягодовский же — модель «помещичья», знаковая для шляхты Речи Посполитой и русского дворянства. Поэтому первая версия (топонимическая) выглядит правдоподобнее.

По сословной принадлежности носители фамилии могли быть как мещанами или крестьянами, так и дворянами — особенно если речь о западных губерниях Российской империи, где фамилии на -ский были распространены среди польской шляхты. В XX веке фамилия встречается в разных регионах, но чаще фиксируется в Беларуси и на Украине, что косвенно подтверждает её западнорусские корни.

Однокоренные фамилии — Ягодов, Ягодин, Ягодкин — образованы по другим моделям и обычно связаны напрямую с прозвищем или профессией (сборщик ягод). Ягодовский стоит в этом ряду особняком: его форма сразу отсылает к географическому названию, а не к растению. Если искать параллели в польской ономастике, можно вспомнить фамилию Jagodowski — её носители известны в истории Речи Посполитой.