Фамилия Ягонская — редкий случай, когда географическое прозвище сохранилось почти без искажений. Её основа — название населённого пункта Ягоны (или Ягонь). Такие топонимы встречаются в Ленинградской области (деревня Ягоны в Гатчинском районе) и в Беларуси (деревня Ягонь в Гомельской области). Суффикс -ск- указывает на происхождение по месту жительства: Ягонский — тот, кто родом из Ягон. Женская форма Ягонская закрепилась за женой или дочерью, но в современном обиходе стала родовой.

Слово «ягонь» в русских говорах не имеет однозначного толкования. Скорее всего, это балтийский или финно-угорский субстрат: в прибалтийско-финских языках есть слово joki («река») или jokinen («речной»). Тогда Ягоны — поселение у реки. Менее вероятна связь с диалектным «ягать» (кричать, браниться) — прозвище крикливого человека могло дать основу, но в фамилиях на -ский такие прозвища редки, они обычно остаются в форме Ягин или Ягов.

Фамилия явно дворянская или мещанская по происхождению: суффикс -ский в XVIII–XIX веках был маркером образованного сословия или шляхты. Однако встречаются и крестьянские Ягонские — их предки могли получить фамилию при переписи по названию деревни, где жили. В современных базах фамилия встречается в Петербурге, Псковской области и в Беларуси — именно там, где находятся топонимы Ягоны/Ягонь.

Однокоренные фамилии — Ягонов, Ягоновский, Ягонцев — все они восходят к тому же корню, но разными суффиксами. Ягонская стоит особняком: это не просто вариант, а указание на конкретное место, откуда пошёл род.