Фамилия Ялтунов — редкий случай, когда основа слова не лежит на поверхности и не поддаётся однозначному толкованию. В отличие от множества фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров) или названий профессий (Кузнецов), корень «Ялтун» заставляет этимологов искать аналогии в диалектах, тюркских заимствованиях и старых прозвищах.

Начнём с модели. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую или прозвищную фамилию: Ялтунов буквально значит «сын Ялтуна». Само слово «Ялтун» могло быть прозвищем. Наиболее вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «ялтать» — в некоторых говорах так говорили о болтливом, пустом человеке, который «ялтает» языком без умолку. Тогда Ялтун — прозвище говорливого, суетливого или несерьёзного человека. Такие прозвища в крестьянской среде давали метко и без злого умысла, просто как бытовую характеристику.

Другая, менее очевидная, но правдоподобная гипотеза — тюркское происхождение основы. В тюркских языках есть корень «ялт» (блеск, молния) или «ялта» (льстить, угождать). Если предок носителя фамилии был выходцем из татарской или башкирской среды, прозвище Ялтун могло означать «блестящий», «видный» либо «льстец». В пользу этой версии говорит то, что фамилии с похожим звучанием (Ялтин, Ялтырев) встречаются в Поволжье и на Урале, где тюркское влияние на русскую ономастику велико. Однако для фамилии Ялтунов прямая географическая привязка к этим регионам неочевидна.

Третья версия — от названия населённого пункта. Существует село Ялтуново в Рязанской области. Если фамилия образована от топонима, то предок мог быть выходцем из этого села, и тогда Ялтунов — не прозвище, а указание на место жительства. Однако названия сёл часто сами происходят от прозвищ первопоселенцев, так что круг замыкается.

В любом случае, фамилия Ялтунов — не массовая и не распространённая повсеместно. Её носители, скорее всего, происходят из одной локальной группы, возможно, из центральных или южных областей России. Разобраться точнее помогли бы архивные записи переписей, но без них остаётся строить догадки на основе языка.