Фамилия Ямцун — редкая и с неочевидной этимологией. Чтобы понять её происхождение, стоит начать с суффикса. Окончание -ун характерно для прозвищ, образованных от глаголов: «крикун», «говорун», «ворчун». Такие прозвища давали человеку за его характерную черту или манеру поведения. Следовательно, основа «Ямц-» — это усечённая форма от глагола, который мог звучать как «ямцать» или «ямчить». В русских диалектах, особенно северных и сибирских, слово «ямчить» означало «громко кричать, шуметь, возиться». Так могли прозвать беспокойного, шумного ребёнка или суетливого взрослого.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная, отсылает к тюркским корням. В тюркских языках «ям» — это почтовая станция, а «ямчи» — ямщик, возница. Фамилия Ямцун могла возникнуть как русифицированная форма от «ямчи» с добавлением фамильного суффикса -ун, который в этом случае выполнял бы роль адаптера. Но здесь есть лингвистическая натяжка: суффикс -ун в русской модели продуктивен, а в тюркской — нет. Поэтому версия с диалектным глаголом выглядит убедительнее: прозвище Ямцун («крикун, шумный») дали человеку, а его потомки получили фамилию без дополнительных суффиксов, что для русских фамилий на -ун редкость — обычно они застывают в форме прозвища.

С географией сложно: фамилия не частотна, в дореволюционных переписях почти не встречается. Возможно, её носители жили в регионах, где бытовал глагол «ямчить» — это северо-западные и центральные области России. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми: прозвища на -ун в дворянской среде не приживались. По модели образования фамилия Ямцун близка к «Шептун», «Воркун» — все они возникли из бытовых характеристик человека, без участия притяжательных суффиксов -ов/-ин. Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться сравнительно поздно, в XVII–XVIII веках, когда прозвища переходили в наследственные имена без изменений.