Фамилия Янатханова — редкий пример фамилии, образованной от полного тюркского имени с двумя корнями. Основа — мужское имя Янатхан, где «ян» (душа) и «ат» (имя, конь) в разных тюркских языках дают значение «душа-имя» или «душа-конь», а «хан» — титул правителя. Получается сложносоставное имя, характерное для тюркских народов: «Янат» + «хан» = «хан с душой-именем» или «хан, чья душа — конь». В имени могла звучать метафора благородства и силы.

Суффикс -ова указывает на принадлежность: Янатханова — дочь или жена Янатхана. Модель типична для русских фамилий, которые фиксировали при переписях у народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии. Фамилия почти наверняка женская, мужская форма — Янатханов.

Вероятная география — Татарстан, Башкортостан или Казахстан, где распространены имена с компонентом «хан» и суффиксальные русские фамилии. Возможно, предки были из числа служилых татар или башкир, чьи имена записывали в метрики с окончанием -ов/-ев. Встречается вариант написания через «х» — Янатханова, хотя могло быть и Янатханова с ударением на второй слог.

Спорных версий здесь нет: корень прозрачный, а суффикс однозначно указывает на русификацию. Редкость фамилии говорит о том, что род мог быть немногочисленным или локальным. В современных справочниках по ономастике (например, у Б. Унбегауна) такие сложные тюркские основы с «хан» описаны как типичные для фамилий, возникших в XIX веке при взаимодействии русской и тюркской культур.