Основой фамилии Янаткин послужило имя Янатка. Имя Янатка образовано от имени Ян – польской формы канонического имени Иоанн, тождественной русскому Иван (в переводе с древнееврейского – «Бог помиловал»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Янатка, со временем получил фамилию Янаткин.