Фамилия Янаткин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Янаткин послужило имя Янатка. Имя Янатка образовано от имени Ян – польской формы канонического имени Иоанн, тождественной русскому Иван (в переводе с древнееврейского – «Бог помиловал»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Янатка, со временем получил фамилию Янаткин. О точном месте и времени возникновения фамилии Янаткин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Янаткин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.