Фамилия Янайт — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение стоит искать не в славянских корнях, а в географическом и этническом контексте. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от названия балтийского или финно-угорского поселения, реки или местности. Суффикс -айт характерен для литовских и латышских фамилий (сравните: Янайтис, Бразайтис), где он указывает на происхождение или принадлежность к роду. В русской передаче окончание могло редуцироваться до -т, что дало форму Янайт.

Основа фамилии — Ян — широко распространена в прибалтийских языках как вариант имени Иван (Йонас, Янис). Таким образом, Янайт могло означать «сын Яна» или «потомок Яна» по литовской модели. Однако есть и вторая версия: корень «ян» мог быть топонимическим — от названия реки Яна (в Литве есть река Яна, приток Нямунаса) или хутора Янай. В таком случае фамилия закрепилась за человеком, который переселился оттуда, и в русской среде потеряла типичное литовское окончание -ис.

Исторически носители фамилии Янайт могли быть выходцами из Западного края Российской империи — современной Литвы или Латгалии. В XIX веке литовские и латышские крестьяне, получая паспорта, часто русифицировали окончания фамилий, отбрасывая -ас или -ис. Поэтому Янайт — это, скорее всего, осевшая в России форма, которая сохранила прибалтийский суффикс, но утратила грамматическое окончание.

Другие гипотезы, например, связь с тюркским словом «ян» (душа) или еврейским именем Янай, выглядят менее убедительными: суффикс -айт нехарактерен для этих языковых групп. Разбор фамилии показывает, что её носители, вероятно, имели предков из числа балтийских народов, а сама фамилия фиксирует либо отчество, либо прозвище по месту выхода. В современной России она встречается точечно, в основном на северо-западе и в Сибири, куда переселенцы уезжали в ходе столыпинской аграрной реформы.