Фамилия Янайтис — наглядный пример того, как литовский язык отпечатался в русском ономастиконе. Её основа — личное имя Йонас (Jonas), литовский аналог библейского имени Иоанн (Иван). Суффикс -айтис (-aitis) — один из самых распространённых патронимических суффиксов в литовском языке. Он указывает на происхождение: буквально «сын такого-то» или «потомок». Таким образом, Янайтис — это «сын Йонаса» или «потомок Йонаса».

В XIX веке, после отмены крепостного права на территориях бывшей Речи Посполитой, литовские крестьяне массово получали официальные фамилии. Янайтис — типичная фамилия из этой волны: она не связана с ремеслом или прозвищем, а образована от имени отца. Встречается она преимущественно на северо-западе современной Литвы и в приграничных районах Латвии. В русском языке фамилия часто склоняется по мужскому роду (Янайтиса, Янайтису), а женские формы могут звучать как Янайтене или Янайтите — по литовской модели окончаний.

Интересная деталь: фамилия Янайтис, несмотря на литовскую основу, могла попасть в русские документы через польское посредничество. В польской транскрипции суффикс -айтис часто записывали как -ajtis или -ejtis, но в русском закрепился именно вариант с «я». Это не редкий случай, когда одно и то же имя давало разные фамилии в разных регионах: например, литовский Йонас мог превратиться в польский Яновский или в русский Иванов. Янайтис же сохранил свою литовскую грамматику, что отличает его от более русифицированных однокоренных фамилий.

Встретить Янайтисов сегодня можно не только в Литве, но и в России, особенно в Калининградской области и в Сибири, куда фамилия попала в ходе переселений конца XIX — начала XX века. По роду занятий предки-носители этой фамилии были, скорее всего, крестьянами или мелкими ремесленниками — никаких указаний на дворянское происхождение в источниках не встречается.